在建房屋抵押既然是以后来可能取得的房屋作为标的物，那么在建房屋抵押协议与一般抵押协议在性质上有何区别呢？对这一问题，实践中也有两种观点：一种观点认为，在建房屋抵押与一般房屋抵押有根本的不同。在建房屋抵押为一附期限的民事法律行为，仅在房屋建成时抵押权方成立，而一般房屋抵押在抵押协议签订后，经登记公示，债权人即取得抵押权；另一种观点认为，在建房屋抵押与一般房屋抵押并没有本质区别，只要双方自愿签订抵押协议，经登记公示，抵押合同即同样生效。

我们认为，在建房屋抵押与一般房屋抵押肯定是有区别的，两者最大的区别在于抵押权成立的时间不同。在建房屋抵押是以将来建成的房屋作为抵押标的物的，因此抵押权只可能在房屋建成后方才成立，亦即在建房屋抵押协议是以设定某种将来权利为目的的协议，而不是现在即可设定某种权利。从这个意义上说，在建房屋抵押协议是一附条件或附期限的民事法律行为，只有在条件成就时，某种权利方可设立。但在建房屋抵押协议究竟是一种附期限的法律行为，还是一种附条件的法律行为呢？我们认为，附条件的民事行为一说更为合适。因为在建房屋也存在是否一定能按预期成就的问题，实际生活中存在的胡子工程和烂尾楼便是例证。在存在一个条件不成就的可能性的前提下，还是以附条件的民事行为定性更为恰当。

但值得注意的是，以上关于在建房屋抵押与一般房屋抵押的两种观点均有可取之处。第一种观点关于在房屋建成后，抵押权经过公示而成立的说法是正确的；第二种观点关于两种抵押协议均在协议签订后，经登记公示抵押合同生效的说法也是正确的。那么这两种看似矛盾的说法为何能并行不悖呢？我们认为，这是由于理论上和实务上没有将抵押合同的成立生效与抵押权的成立区分开来。应当认为，抵押合同仅是设定抵押权的民事行为，是抵押权发生的必要条件，但并不是抵押权发生的充分条件。作为物权，抵押权是否成立除有抵押合同外还须有另外的要件。只有有效的抵押合同，才能发生当事人双方设定抵押权的权利义务；但抵押权不成立并不等于抵押合同无效。因此，应当将抵押合同的成立和生效与抵押权的成立生效区分开来。关于抵押合同成立生效的条件，应当适用《合同法》的规定，而对于抵押权的成立生效则适用物权法的规定。就在建房屋抵押合同而言，在有关抵押合同签订后，如同一般抵押合同，抵押合同本身应依法生效，但抵押权是否成立，则要俟房屋建成后履行相应程序方可。