农村居民建房的耕地占用税由所属乡镇财政所负责征收。自2005年1月1日起其它部门不能委托代征耕地占用税，在此之前部分乡镇土地管理部门代征了一部分耕地占用税。

耕地占用税是否交纳以完税证为依据，农民交纳耕地占用税后，会拿到财政部门开具的《中华人民共和国耕地占用税完税证》。由土地部门代征的也要开具完税证。